NOVOGENE (UK) COMPANY LIMITED

The object of this tender procedure is the contracting of the service of shotgun metagenomics sequencing of nucleic acids extracted from fecal samples by the Project PID2023-147387OB-I00 titled “MODULATION OF THE GUT MICROBIOTA AND IMMUNE SYSTEM” of the Microbiome Group of the Fundació Hospital Universitari Vall Hebron - Institut de Recerca (VHIR). The tender is part of the “Proyectos Generación del Conocimiento” grant, funded by MCIU/AEI/10.13039/501100011033 and by the ESF+.

El objeto del presente procedimiento de licitación es la contratación del servicio de secuenciación masiva mediante las siguientes técnicas genómicas: Whole Genome Sequencing (WGS) y análisis bioinformático básico de los datos a cargo del proyecto titulado “Identification and Functional Characterization of Genetic Variants Associated with Specific Clinical Phenotypes in Hereditary Angioedema due to C1 Inhibitor Deficiency: An Unbiased Approach” del Grupo de Inmunología Translacional de la Fundació Hospital Universitari Vall Hebron - Institut de Recerca (VHIR). El servicio de secuenciación avanzada no puede llevarse a cabo en las propias instalaciones ya que no se dispone del equipamiento necesario, por lo que han de subcontratarse a un proveedor externo. El servicio de secuenciación avanzada (WGS) objeto de la contratación no puede dividirse en lotes puesto que se trata de una única técnica.

Es requereix contractar un Servei d’Anàlisi Genòmica per la reseqüenciació a una profunditat de cobertura moderada del genoma complet de 215 mostres d’ADN de gallines i pollastres. Concretament, les mostres es reseqüenciaran a una profunditat de 23 Gb per genoma en fragments curts (150 parell de bases) de doble lectura per extrems (paired-reads) en 215 gallines i pollastres a partir de l’ADN aïllat de mostres de sang. El servei contractat inclourà la comprovació de la quantitat i qualitat de l’ADN a les mostres i la preparació de l’ADN genòmic en llibreries de treball PCR-free (isothermic amplification) i la seqüenciació es realitzarà amb una plataforma NovaSeq 6000 (Illumina), DNBseq (BGI) o equivalent. Les mostres procediran d’individus de les races autòctones catalanes Penedesenca (varietats tradicionals i línia millorada), Prat (varietats tradicionals i línia millorada), Empordanesa (varietats tradicionals i línia millorada), Flor d’Ametller i Pairal, així com de pollastres d’engreix de producció intensiva tipus broiler com a grup extern. Els animals es troben referenciats al llibre genealògic de la raça quan aquesta informació està disponible. L’any 2019 es va iniciar la seqüenciació del genoma complet d’un subconjunt de 21 gallines i pollastres de les races Penedesenca (7 de línia tradicional i 7 de línia millorada) i Flor d’Ametller (7), així com 7 pollastres de producció intensiva. Un cop analitzats els resultats i davant la necessitat d’ampliar l’estudi genètic a les altres races autòctones catalanes per tal de satisfer els objectius de recerca plantejats en el projecte que respon a aquest contracte de serveis, manifestem la necessitat de seqüenciar el genoma complet de 215 gallines i pollastres més, amb la finalitat d’augmentar la mida de la mostra i per tant la potència de les anàlisis estadístiques. Així, les mostres que ara s’analitzen tenen per objectiu afegir-se a les prèviament seqüenciades per fer un anàlisi conjunt amb el total de genomes seqüenci